ΕΛ/ΛΑΚ | creativecommons.gr | mycontent.ellak.gr |
freedom

S³: Μια εφαρμογή ανοιχτού κώδικα για την αντιμετώπιση μιας παγκόσμιας απειλής για τη δημόσια υγεία

Με τη μικροβιακή αντοχή (AMR) να διεκδικεί σχεδόν 5 εκατομμύρια ζωές παγκοσμίως κάθε χρόνο — ένας αριθμός που προβλέπεται να αυξάνεται κατά 10 % ετησίως έως το 2030 — ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (ΠΟΥ) την έχει χαρακτηρίσει μία από τις μεγαλύτερες απειλές για τη δημόσια υγεία παγκοσμίως. 

Για την αντιμετώπιση αυτής της παγκόσμιας απειλής για την υγεία, δύο ειδικοί μολυσματικής ιατρικής στα Πανεπιστημιακά Νοσοκομεία της Γενεύης (Hôpitaux Universitaires de Genève) ανέπτυξαν μια εφαρμογή ανοικτού κώδικα με στόχο την καταπολέμηση της μικροβιακής αντοχής με τη βελτιστοποίηση της χρήσης αντιβιοτικών και την ενίσχυση του εντοπισμού συμβάντων αποκλιμάκωσης των αντιμικροβιακών (ADE).

Παγκόσμια απειλή για την υγεία…

Το 2019, εκτιμάται ότι η μικροβιακή αντοχή ήταν άμεσα υπεύθυνη για 1,27 εκατομμύρια θανάτους και συνέβαλε σε επιπλέον 4,95 εκατομμύρια παγκοσμίως. Το ποσοστό θνησιμότητας που σχετίζεται με την AME εξηγείται κυρίως από την κατάχρηση και την υπερβολική χρήση αντιμικροβιακών, τόσο στον άνθρωπο όσο και στην ευρύτερη βιόσφαιρα. Με αποτέλεσμα την ανάπτυξη «ανθεκτικών στα φάρμακα παθογόνων», αυτό παρουσιάζει κρίσιμο κίνδυνο για τη σύγχρονη ιατρική, καθώς η ΜΑ καθιστά δύσκολη τη θεραπεία ορισμένων μολυσματικών ασθενειών και αυξάνει τους κινδύνους που συνδέονται με άλλες ιατρικές θεραπείες, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου. 

Καθώς ο αριθμός των παγκόσμιων θανάτων που συνδέονται με τη μικροβιακή αντοχή αναμένεται να αυξηθεί συνεχώς τα επόμενα χρόνια, η αντιμετώπισή της έχει καταστεί βασική προτεραιότητα για τον ΠΟΥ και τους παγκόσμιους ηγέτες. Αυτό αποδεικνύει την πρόσφατη έγκριση μιας πολιτικής δήλωσης για τη μικροβιακή αντοχή στην 79η Γενική Συνέλευση των Ηνωμένων Εθνών, η οποία αποσκοπεί στην ενίσχυση των παγκόσμιων προσπαθειών για τη μείωση της μικροβιακής αντοχής. 

…Μια επιστημονική πρόκληση…

Για την αντιμετώπιση των επιπτώσεων της μικροβιακής αντοχής, ιδίως της κατάχρησης αντιμικροβιακών φαρμάκων, συμπεριλαμβανομένων των αντιβιοτικών, οι επαγγελματίες υγείας έχουν αναπτύξει προγράμματα διαχείρισης αντιμικροβιακών ουσιών (ASP). Τα προγράμματα αυτά αποσκοπούν στην προώθηση της καλύτερης χρήσης των αντιμικροβιακών φαρμάκων, ιδίως μέσω της συνταγογράφησης φαρμάκων στενής εμβέλειας. 

Απλά, ένα φάσμα δραστηριότητας αναφέρεται στο φάσμα των μικροοργανισμών που μπορούν να στοχοποιηθούν από το φάρμακο, όσο ευρύτερο είναι το φάσμα τόσο περισσότεροι μικροοργανισμοί που μπορούν να θανατωθούν ή να ανασταλούν. Αυτό είναι ένα κρίσιμο πρόβλημα για την αντιμετώπιση της μικροβιακής αντοχής, καθώς η κατάχρηση, ιδίως η υπερβολική χρήση αντιβιοτικών ευρέος φάσματος, συμβάλλει άμεσα στη μικροβιακή αντοχή, επηρεάζοντας μεγαλύτερο φάσμα μικροοργανισμών. 

Ως εκ τούτου, η συνταγογράφηση πιο στοχευμένων αντιβιοτικών περιορισμένου πεδίου αποτελεί σημαντική ευκαιρία για την αντιμετώπιση της μικροβιακής αντοχής. Ωστόσο, η αξιολόγηση των φασμάτων των αντιβιοτικών και η κατηγοριοποίησή τους παρέμεινε εδώ και καιρό μια πρόκληση με ελάχιστη συναίνεση στην επιστημονική κοινότητα σχετικά με το πώς να ταξινομηθούν τα φάσματα. 

…Μια λύση ανοιχτού κώδικα 

Mikael de Lorenzi-Tognon, ειδικός λοιμωδών νοσημάτων στα Πανεπιστημιακά Νοσοκομεία της Γενεύης και Μεταδιδακτορικός Ερευνητής στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνιας του Σαν Φρανσίσκο, μαζί με τον καθηγητή Jacques Schrenzel, συνιδρυτή του Κέντρου Αριστείας στη Βακτηριολογία στο Πανεπιστήμιο της Γενεύης, ξεκίνησαν τον Απρίλιο του 2024. S³ σημαίνει «Simplified Spectrum Score». 

Το S³ αποσκοπεί στη διευκόλυνση των διαδικασιών αποκλιμάκωσης αντιμικροβιακών/αντιβιοτικών (ADE). Το ADE είναι ένα στοιχείο των ASPs με το οποίο επιλέγεται ένα αντιβιοτικό στενού φάσματος για να αντικαταστήσει ένα ευρύ φάσμα. Ωστόσο, η σωστή κατάταξη των φασμάτων αντιβιοτικών για τον υπολογισμό της ADE είναι μια πολύπλοκη διαδικασία που απαιτεί μη αυτόματους υπολογισμούς και συχνά βασίζεται σε υποκειμενικά κριτήρια στο πεδίο του σταθμισμένου φάσματος.

Για να διευκολυνθούν αυτές οι διαδικασίες κατάταξης και υπολογισμού, ο S³ είναι ουσιαστικά ένας αλγόριθμος που επιτρέπει τη βαθμολόγηση και τη διευκόλυνση της ταξινόμησης των φασμάτων αντιβιοτικών. Πρακτικά αυτή η εφαρμογή μπορεί να χρησιμοποιηθεί από επαγγελματίες υγείας για να στοχεύσουν καλύτερα τους μικροοργανισμούς κατά τη συνταγογράφηση αντιβιοτικών. Η εφαρμογή αναπτύχθηκε με τη χρήση δεδομένων από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή Δοκιμών Ευαισθησίας Αντιμικροβιακών (EUCAST), τα οποία καλύπτουν 63 αντιβιοτικά και 837 μικροοργανισμούς. 

Ως εφαρμογή δοκιμών τυποποίησης, ένα βασικό πλεονέκτημα της ανάπτυξης του S³ ως εφαρμογής ανοιχτού κώδικα είναι η διευκόλυνση της πρόσβασής του από επαγγελματίες υγείας σε νοσοκομειακό περιβάλλον αλλά και πέραν αυτού, μεταξύ άλλων και από τα δημόσια ιδρύματα υγείας. 

Ο πηγαίος κώδικας δημοσιεύθηκε στο GitHub και η συνοδευτική ερευνητική εργασία δημοσιεύθηκε με άδεια Creative Commons. 

Πηγή άρθρου: https://interoperable-europe.ec.europa.eu/collection/open-source-observatory-osor/

One thought on “S³: Μια εφαρμογή ανοιχτού κώδικα για την αντιμετώπιση μιας παγκόσμιας απειλής για τη δημόσια υγεία

  1. Οι αποδείξεις στο λινκ παρακάτω:
    1) Το 50-70% των αντιβιωτικών πηγαίνουν στα ζώα κτηνοτροφίας, το 50% των συνθετικών βιταμινών πηγαίνουν στα ζώα κτηνοτροφίας (παρακάτω στο λινκ ‘αποδείξεις’).
    2) Μάλιστα, προσωπικά είχα κάνει έρευνα σχετικά με τις αρρώστιες ως αναλυτής δεδομένων (παρακάτω στο λινκ ‘αποδείξεις’). Από τη στιγμή καταγραφής πανδημιών και με βάση τη λίστα της wikipedia, το χρονικό διάστημα για να σημειωθεί μία νέα πανδημία έχει μειωθεί σημαντικά — `δηλαδή, ενώ μέσα σε 5-6 έτη υπήρχαν μόνο 2 πανδημίες/επιδημίες, 2πλαστήκαν και έγιναν 4 μέσα σε 12 έτη χωρίς κάποιο μεγάλο διάστημα ανάπαυσης`
    3) μάλιστα, η ΕΕ και οι ΗΠα είχαν προειδοποιήσει τον κόσμο ότι τα αντιβιωτικά πρέπει να μειωθούν στα ζώα κτηνοτροφίας διότι θα υπάρχει θέμα στην ανθρωπότητα. Όταν επί 3 χρόνια στη βιομηχανική κτηνοτροφία έχεις κλεισμένα χωρίς φως και κίνηση ζώα, σε άθλιες συνθήκες, τι περιμένεις; Για να πάρουμε το γάλα βάζουν στις αγελάδες κάτι μέταλλα όπου τα ρουφάν το γάλα, αφού έχεις θανατώσεις το μωρό τους (θηλαστικά γαρ). Οι ΕΕ και οι ΗΠα επιτρέπουν να υπάρχουν πυοκύτταρα στο γάλα (και άρα και στο τυρί), λόγω αυτής της διαδικασίας (παρακάτω στο λινκ ‘αποδείξεις’)
    4) Πανεπιστήμια (πχ. University of Warwick) και νοσοκομεία στον κόσμο (πχ. Hayek Hospital in Lebanon has completely ditched animal products) έχουν απορρίψει τα ζωικά προιόντα τόσο για το περιβάλλον όσο και για λόγους ηθικής

    Οι αρρώστιες κυρίως ξεπηδούν από τη κτηνοτροφία/κακοποίηση ζώων:
    1) National geographic: To aids ξεπήδησε από το ότι έτρωγαν ωμό κρέας από χιμπατζήδες: φανταστείτε τις συνθήκες τότε – έβαζαν αφρικανούς-δούλους που μπορεί η υγεία τους να ήταν ήδη σε χάλια κατάσταση, να περνάνε μέσα από αγριόχορτα (πληγές) και μετά να ανάβουν φωτιά και να σκοτώνουν τους χιμπατζίδες και να τρώνε σε φωτιά ή όχι το πτώμα τους.
    https://www.nationalgeographic.com/science/article/news-hiv-aids-monkeys-chimps-origin
    2) Νόσων των πτηνών (κτηνοτροφία πτηνών)
    3) Τρελές αγελάδες (κτηνοτροφία αγελάδων – ακόμα υπήρχε – πριν λίγα χρόνια έβγαλαν το 1ο εμβόλειο!)
    4) Κορονοιός (βαρβάκειος αγορά κίνας με ζωντανά ζώα που τα αγοράζεις, σε άθλιες συνθήκες, δείτε youtube video)
    5) ο ρυθμός μετάλλαξης σε φάρμες γούνας για κορονοιό ήταν τόσο τεράστιος που αναγκάστηκαν πολλές χώρες να κλείσουν τις κτηνοτροφίες γούνας (https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/01652176.2020.1867776#abstract), που έτσι και αλλιώς είναι απάνθρωπες, ενώ η χώρα μας αρνήθηκε πεισματικά να το κάνει (σχεδόν 400 γουναράδικα στο ντουμπάι αρκετά με γούνες από ελληνικά μινκ).

    Ως κατακλείδι να σημειώσω τον κίνδυνο νερού: η κτηνοτροφία μολύνει το 50% του πόσιμου νερού, είναι υπεύθυνη για το 1/3 των νεκρών ζωνών στο πλανήτη. Το πόσιμο νερό μας φτάνει για 4 χρόνια στην ελλάδα λόγω λειψιδρίας. Στην ιταλία, στις άλπεις λιώνουν οι πάγοι (έχουν ξεθαφτει πολλά πράγματα, ακόμα και παλιά αεροπλάνα), το νεπάλ έχασε τους μόνιμους πάγους. Στη γερμανία χτίζουν πιγάδια για να μαζέψουν το βρόχινο νερό, στο μεξικό έδιναν με δελτίο το νερό, ο κολοράντο ποταμός στις ΗΠΑ έχει πέσει η στάθμη του σε επίπεδα ρεκόρ, και στην ιαπωνία κάποια βουνά (δεν θυμάμαι πια) δεν έχουν δει πάγο εδώ και καιρό. Στην ελβετία σκεπάζουν τους πάγους με τεράστια λευκά σεντόνια για να προστατέψουν τους πάγους από λιώσιμο. Αρκεί να βάλετε τη λέξη λειψιδρία τη χώρα που σας ενδιαφέρει και την ημερομηνία 2024 πχ. Ελλάδα λειψιδρία 2024 στο ψακτήρι σας.

    Η κτηνοτροφία είναι ο μόνος ελαστικός τομέας που μπορεί να καταργηθεί από χθες, και να πάνε τα ζώα σε καταφύγια. Ας μη κακοποιούμε ζώα πουθενά. Υγεία. 6 χρόνια βίγκαν.

    Αποδείξεις: https://ibb.co/album/R7Z72b

    ~~~ Αποκαλυπτικά Ντοκιμαντέρ ~~~ Youtube: ~~~
    1) Συνομωσία Αγελάδας
    2) Τι είναι υγεία
    3) Η Πιο Συγκλονιστική Ομιλία Που Θα Ακούσετε Ποτέ! από τον Gary Yurovsky
    4) Πανδημίες Ιστορία κ Πρόληψη

Leave a Comment